biosemiotics

Atlas de POCUS para el médico de primer contacto. En español, con cada cifra verificada contra la literatura y cada signo acompañado de sus límites.

DOI Licencia: CC BY 4.0

🔗 www.biosemiotics.net

La tesis

Un hallazgo ecográfico no es una imagen bonita: es un signo. Y como todo signo, une tres cosas:

   
Significante lo que se ve en pantalla
Significado la realidad clínica a la que remite
Decisión qué cambia en el manejo del paciente

Sin la tercera, el hallazgo es trivia. El atlas está construido sobre esa estructura: cada entrada del banco declara las tres, y el pipeline las propaga a todas las salidas.

El mensaje que sostiene el proyecto: empezar POCUS es más fácil de lo que te dijeron. Por eso los signos se publican por oleadas, empezando por los que desintimidan —reconocimiento casi binario, alto impacto clínico.

Cómo está hecho

Una fuente, muchas salidas. El banco de archivos .qmd con front-matter YAML es la única fuente de verdad. Todo lo demás se genera y se regenera.

proyecto-biosemiotics/
├── conceptos/     ← el "por qué" (física, artefactos, técnica)
├── signos/        ← el "qué hago" (significante → significado → decisión)
├── casos/         ← el paciente real
├── scripts/       ← el pipeline en Python
├── refs.bib       ← bibliografía (solo desde PubMed, verificada)
└── build/         ← derivados; solo build/index.json se versiona

De esa fuente única salen:

GitHub Actions regenera automáticamente EPUB, PDF, TEX y el ZIP LaTeX autocontenido después de cada cambio relevante fusionado a main. Los artefactos quedan disponibles durante 90 días; no hace falta ejecutar el workflow manualmente.

Preparar el entorno

Para trabajar con GPT-6 Astra en Codex, sigue CODEX.md. Codex descubre las reglas iniciales en AGENTS.md, que remite al manual editorial compartido. En Windows, activa el entorno con . ./activar-entorno.ps1 antes de ejecutar Python.

La guía del atlas incluye el esquema, los metadatos y el instructivo editorial; está versionada aquí y no requiere una skill externa.

python -m pip install -r requirements.txt
python scripts/preflight.py

El preflight normal comprueba Python 3.9+, la versión fijada de PyYAML, la estructura del banco, el contrato editorial y la coherencia entre fuentes, build/index.json y el mapa maestro. Es de solo lectura. Para generar todos los artefactos editoriales, instala además Quarto 1.5.57, LuaLaTeX con FreeSerif, Java, rsvg-convert y EPUBCheck 5.1.0, y ejecuta:

python scripts/preflight.py --publicacion

Las versiones y paquetes usados en Linux están declarados en .github/workflows/epub.yml; ese workflow es el entorno reproducible de referencia para EPUB, PDF y LuaLaTeX.

Uso diario

python scripts/nuevo.py signo <id> "<título>"   # crear una entrada
python scripts/build.py                          # compilar y validar
python scripts/refs.py                           # auditar qué referencias faltan
python scripts/refs.py --buscar                  # buscarlas en PubMed
python scripts/indice.py                         # generar índice y derivados
python scripts/epub.py --salida build/atlas.epub --solo-publicados
python scripts/libro.py --salida build/libro.pdf --solo-publicados
python scripts/paquete_latex.py --salida build/biosemiotics-latex.zip
python scripts/verificar_publicacion.py --verificar-derivados --epub build/atlas.epub
python scripts/consultas.py                      # explorar el atlas en SQL

Los comandos localizan el repositorio por la ubicación de scripts/, de modo que producen el mismo resultado aunque se invoquen desde scripts/ o desde otro directorio. --raiz <ruta> permite operar sobre otro banco; una raíz relativa se interpreta desde el directorio actual. --destino, --proyecto, --salida y --db relativos se interpretan desde la raíz elegida. Las rutas absolutas se respetan. indice.py <raiz> sigue aceptado por compatibilidad, pero el uso nuevo es indice.py --raiz <ruta>.

Si falta una compilación, consultas.py informa la ruta exacta esperada de build/atlas.db y el comando para generarla.

build.py no es cosmético: valida integridad referencial y bloquea la publicación si falta un abstract, una referencia o una sección obligatoria.

El XML de build/jats/ conserva metadatos, secciones, medios y claves de referencia con nombres de elementos JATS, pero no declara DTD, no expande las referencias bibliográficas y no se valida contra el perfil de un repositorio. Por ello no es un paquete listo para PMC, Crossref ni otro depósito: antes de enviarlo hay que adaptarlo y validarlo contra las reglas del destino.

Las reglas que no se rompen

Están escritas en CLAUDE.md, el manual de operación del repositorio. Las tres que gobiernan todo lo demás:

  1. Toda cita nace de un PMID verificado. Nunca de la memoria de un modelo ni de un apunte. Si el paper dice 1,2 %, el texto dice 1,2 % —el texto se ajusta a la fuente, jamás al revés.
  2. Todo signo lleva su sección de límites («dónde NO confiar»). Un signo sin límites enseña a reconocer sin enseñar a dudar, y produce el escaneador con exceso de confianza: el riesgo clínico real del proyecto.
  3. Consentimiento como doble sí. El consentimiento para escanear no es consentimiento para publicar. Sin el segundo, el caso no se publica.

El plan completo de crecimiento —taxonomía, oleadas, las ~48 entidades proyectadas— vive en mapa-maestro-biosemiotics.md.

Cómo citar

Torres Guerrero, A. E. (2026). biosemiotics — atlas de POCUS para el médico de primer contacto [Software]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.21435362

Ese es el DOI de concepto: agrupa todas las versiones y siempre resuelve a la más reciente. Úsalo para citar el atlas en general.

Si necesitas referirte a un estado exacto y reproducible del banco —por ejemplo para respaldar un dato citado en una fecha concreta—, usa el DOI específico de esa versión, que aparece en su página de Zenodo.

Licencia

Creative Commons Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0). Texto legal completo en LICENSE.

Puedes compartir y adaptar el material —incluso con fines comerciales— siempre que cites la autoría e indiques si hiciste cambios.

Las imágenes tienen su propia licencia, declarada en el bloque medios de cada ficha: hay archivos en CC0, dominio público, CC BY y CC BY-SA. Las CC BY-SA imponen share-alike a las obras derivadas de esa imagen concreta. Al reutilizar una figura, respeta la licencia de esa figura, no la del atlas.

Aviso

Material educativo. No sustituye el juicio clínico, la formación supervisada ni la valoración presencial del paciente. Las decisiones clínicas son responsabilidad de quien atiende.

Plataforma independiente: el contenido no implica aval ni representación de ninguna institución sanitaria.

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