biosemiotics
Atlas de POCUS para el médico de primer contacto. En español, con cada cifra verificada contra la literatura y cada signo acompañado de sus límites.
La tesis
Un hallazgo ecográfico no es una imagen bonita: es un signo. Y como todo signo, une tres cosas:
| Significante | lo que se ve en pantalla |
| Significado | la realidad clínica a la que remite |
| Decisión | qué cambia en el manejo del paciente |
Sin la tercera, el hallazgo es trivia. El atlas está construido sobre esa estructura: cada entrada del banco declara las tres, y el pipeline las propaga a todas las salidas.
El mensaje que sostiene el proyecto: empezar POCUS es más fácil de lo que te dijeron. Por eso los signos se publican por oleadas, empezando por los que desintimidan —reconocimiento casi binario, alto impacto clínico.
Cómo está hecho
Una fuente, muchas salidas. El banco de archivos Markdown con front-matter YAML es la única fuente de verdad. Todo lo demás se genera y se regenera.
proyecto-biosemiotics/
├── conceptos/ ← el "por qué" (física, artefactos, técnica)
├── signos/ ← el "qué hago" (significante → significado → decisión)
├── casos/ ← el paciente real
├── scripts/ ← el pipeline en Python
├── refs.bib ← bibliografía (solo desde PubMed, verificada)
└── build/ ← generado: SQLite, LaTeX, grafo, JSON-LD, JATS, índice
De esa fuente única salen:
atlas.db— base SQLite navegable, con el grafo de relaciones entre signos y conceptoslibro.tex— LaTeX/BibLaTeX para compilar el librografo.json— el grafo de conceptosjsonld/— fichas schema.org (MedicalScholarlyArticle,MedicalSignOrSymptom)jats/— XML JATS para depósito y archivoindex.json— índice tipo PubMed que alimenta el buscador facetado del sitioatlas-inject.html— buscador para la página Atlas de Ghostatlas.epub— edición EPUB3 con las imágenes y licencias del banco publicadolibro.pdf— libro compilado desdelibro.texcon LuaLaTeXbiosemiotics-latex.zip— fuente compilable con bibliografía yassets/
GitHub Actions regenera automáticamente EPUB, PDF, TEX y el ZIP LaTeX
autocontenido después de cada cambio relevante fusionado a main. Los
artefactos quedan disponibles durante 90 días; no hace falta ejecutar el
workflow manualmente.
Uso
pip install pyyaml
python scripts/nuevo.py signo <id> "<título>" # crear una entrada
python scripts/build.py # compilar y validar
python scripts/refs.py # auditar qué referencias faltan
python scripts/refs.py --buscar # buscarlas en PubMed
python scripts/indice.py . # generar índice y derivados
python scripts/epub.py --salida build/atlas.epub --solo-publicados
python scripts/paquete_latex.py --salida build/biosemiotics-latex.zip
python scripts/verificar_publicacion.py --verificar-derivados --epub build/atlas.epub
python scripts/consultas.py # explorar el atlas en SQL
build.py no es cosmético: valida integridad referencial y bloquea la
publicación si falta un abstract, una referencia o una sección obligatoria.
Las reglas que no se rompen
Están escritas en CLAUDE.md, el manual de operación del
repositorio. Las tres que gobiernan todo lo demás:
- Toda cita nace de un PMID verificado. Nunca de la memoria de un modelo ni de un apunte. Si el paper dice 1,2 %, el texto dice 1,2 % —el texto se ajusta a la fuente, jamás al revés.
- Todo signo lleva su sección de límites («dónde NO confiar»). Un signo sin límites enseña a reconocer sin enseñar a dudar, y produce el escaneador con exceso de confianza: el riesgo clínico real del proyecto.
- Consentimiento como doble sí. El consentimiento para escanear no es consentimiento para publicar. Sin el segundo, el caso no se publica.
El plan completo de crecimiento —taxonomía, oleadas, las ~48 entidades
proyectadas— vive en
mapa-maestro-biosemiotics.md.
Cómo citar
Torres Guerrero, A. E. (2026). biosemiotics — atlas de POCUS para el médico de primer contacto [Software]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.21435362
Ese es el DOI de concepto: agrupa todas las versiones y siempre resuelve a la más reciente. Úsalo para citar el atlas en general.
Si necesitas referirte a un estado exacto y reproducible del banco —por ejemplo para respaldar un dato citado en una fecha concreta—, usa el DOI específico de esa versión, que aparece en su página de Zenodo.
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cada ficha: hay archivos en CC0, dominio público, CC BY y CC BY-SA. Las CC BY-SA
imponen share-alike a las obras derivadas de esa imagen concreta. Al reutilizar
una figura, respeta la licencia de esa figura, no la del atlas.
Aviso
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